Na terenie Wigierskiego Parku Narodowego do tej pory stwierdzono obecność 10 gatunków nietoperzy, co stanowi prawie połowę gatunków występujących w Polsce (21 gat.). Są to:

Borowiec wielki (repr.)

nocek łydkowłosy Myotys dasycneme
nocek rudy Myotis daubentoni 
mroczek posrebrzany Vespertilio murinus 
mroczek pozłocisty Eptesicus nilssoni 
mroczek późny Eptesicus serotinus 
karlik malutki Pipistrellus pipistrellus 
karlik większy Pipistrellus nathusii 
borowiec wielki Nyctalus noctula 
borowiaczek Nyctalus leisleri 
gacek brunatny Plecotus auritus

Nietoperze są zwierzętami niezwykłymi - jako jedyne z ssaków opanowały zdolność aktywnego lotu. Ich skrzydła zbudowane są z cienkiej błony opierającej się na rusztowaniu z kończyn i ogona. Wszystkie nasze nietoperze są drapieżnikami, polują głównie na owady. Prowadzą nocny tryb życia, dzień spędzając w ukryciu, wysoko w koronach drzew, w dziuplach, na strychach budynków, itp. Przed nadejściem zimy zapadają w stan hibernacji. Zimują najczęściej w dziuplach drzew, piwnicach oraz innych ciemnych i chłodnych kryjówkach. Wszystkie krajowe gatunki nietoperzy są objęte ochroną ścisłą.

Wstępne wyniki sondażu na temat stosunku miejscowej ludności do nietoperzy nie są optymistyczne. Nietoperze nie cieszą się sympatią mieszkańców wsi, a niekiedy są nawet z rozmysłem tępione. Ludzie mają im za złe głównie to, że brudzą strychy budynków swoimi odchodami. Ciągle żywe są też zabobony oskarżające te pożyteczne zwierzęta o wplątywanie się we włosy. A przecież nietoperze są zupełnie niegroźne, przyczyniają się za to do ograniczania populacji owadów, zjadając w ciągu całego sezonu wegetacyjnego ogromne ich ilości, w tym również z gatunków uważanych przez człowieka za szkodniki.

Należy zatem zaakceptować to w sumie mało uciążliwe sąsiedztwo nietoperzy. Z pewnością po bliższym poznaniu tych ciekawych zwierząt można je polubić. Bardzo ważne jest, by w czasie zimowej hibernacji nie wybudzać nietoperzy ze snu. Nie wolno ich wtedy niepokoić, brać do ręki, ani przenosić w inne miejsce, ponieważ grozi to ich śmiercią. Nietoperze przed zapadnięciem w sen zimowy gromadzą zapasy w postaci tłuszczu. Zapasy te są jednak niewielkie i każda wymuszona aktywność zwierzęcia podczas hibernacji może doprowadzić do ich śmierci głodowej.