Wody Parku decydują o pięknie, charakterze krajobrazu i unikatowej wartości przyrodniczej tego obszaru. W granicach Parku położone są 42 stałe, naturalne zbiorniki wodne, których łączna powierzchnia wynosi ponad 28 km². Największe, najgłębsze i najatrakcyjniejsze dla większości turystów odwiedzających Park jest jezioro Wigry - o krętej linii brzegowej, urozmaicone wyspami, zatokami, głębinami, śródjeziornymi górkami i przybrzeżnymi obszarami płycizn. Wigry wraz z przyległymi, mniejszymi jeziorami tworzą szczególny zespół ekosystemów wodnych. Zespół ten charakteryzuje się znaczną różnorodnością, wynikającą nie tylko z odmiennej powierzchni, głębokości czy ukształtowania dna poszczególnych zbiorników. Jeziora Parku różnią się między sobą także składem chemicznym i fizycznymi właściwościami wód, decydującymi o ich żyzności i produktywności (trofii).

Czynniki te wpływają z kolei na skład gatunkowy i liczebność organizmów wodnych oraz kształtują zespoły roślin i zwierząt charakterystycznych dla różnych typów troficznych wód. Występują tu, między innymi, ciekawe, bogate w gatunki zbiorowiska roślin wodnych i wodno-błotnych, zróżnicowane zespoły fauny dennej i naroślinnej, specyficzne zespoły organizmów planktonowych i ryb.

Ale wody Parku to nie tylko jeziora. W WPN występują także inne rodzaje środowisk wodnych - rzeki, strumienie, źródliska, rowy, stawy naturalne i sztuczne, zbiorniki okresowe i różnorodne siedliska wodno-błotne, w tym interesujące przyrodniczo rozlewiska w dolinach rzek. Każdy z tych typów siedlisk charakteryzuje się specyficznymi zespołami organizmów wodnych, co zdecydowanie wpływa na ogólną, wysoką różnorodność chronionej w Parku przyrody.

Jeziora wigierskie mają wodę zróżnicowaną pod względem trofii - od jezior średnio żyznych (mezotroficznych) do żyznych (eutroficznych) i wyraźnie już przeżyźnionego, silnie eutroficznego jeziora Leszczewek. Zbiorniki wodne o coraz wyższej trofii charakteryzuje zmniejszanie się przezroczystości wody, narastanie deficytu tlenowego w warstwach przydennych - aż do całkowitego ich odtlenienia, zmniejszanie się różnorodności zespołów organizmów wodnych oraz ubywanie gatunków typowych dla wód niezanieczyszczonych. Rosnącej trofii towarzyszy także pogorszenie walorów użytkowych jeziora, w tym atrakcyjności rybackiej, wędkarskiej i rekreacyjnej. Na szczęście większość jezior Parku nie została jeszcze silnie użyźniona i zachowała wysoką wartość przyrodniczą.

Do jezior o umiarkowanej, miejscami tylko wysokiej, żyzności należy największe jezioro Parku - Wigry. Jest to jezioro niezwykłe, zadziwiające różnorodnością przyrody i kryjące w sobie wiele tajemnic.

Odmienna w poszczególnych częściach Wigier konfiguracja dna w strefie przybrzeżnej oraz różna ekspozycja brzegów na falowanie powodują, iż dno pokrywają osady o zróżnicowanej strukturze - od żwirowych, poprzez piaszczyste, muliste, aż do drobnoziarnistych osadów kredy jeziornej. Zróżnicowanie warunków siedliskowych w strefie przybrzeżnej wpływa na skład i liczebność występujących tu zespołów roślinnych i zwierzęcych. Rośliny wynurzone, wśród których dominuje trzcina, rosną w pasie o zmiennej, lecz na ogół niewielkiej szerokości - od kilku do kilkunastu metrów. Jedynie na kilku odcinkach linii brzegowej trzcinowiska występują na większej powierzchni. Trzcinie towarzyszą inne rośliny wynurzone - pałki, oczerety, kłoć wiechowata, jeżogłówki i skrzypy. Strefa roślinności wynurzonej jest miejscem lęgów i wyprowadzania piskląt ptaków wodnych (czernic, głowienek, krzyżówek, łysek, perkozów i in.), miejscem żerowania i schronieniem dla narybku oraz siedliskiem występowania wielu zespołów bezkręgowców. Niektóre z bezkręgowców strefy pobrzeża zasługują na szczególną uwagę. Nalezą do nich, na przykład, zespoły wrotków zasiedlających wypełnione wodą przestrzenie pomiędzy ziarnami piasku, opisane w Wigrach po raz pierwszy już w latach dwudziestych XX wieku.

Dno strefy przybrzeżnej (litoralu) jeziora Wigry - porastają także rośliny zanurzone. Choć w wielu miejscach narażonych na silne falowanie roślinność zanurzona jest bardzo skąpa, w innych, spokojniejszych i głębszych, występują łąki podwodne. Skład gatunków jest zróżnicowany, z dominującymi w ostatnich latach rogatkiem, rdestnicami: ścieśnioną, przeszytą i lśniącą oraz włosienicznikiem. Charakterystyczne dla jezior o niższej żyzności ramienice, a także moczarka kanadyjska i mech zdrojek są obecnie mniej liczne niż przed kilkunastu laty. Częściej natomiast obserwowane są, zazwyczaj w strefie przybrzeżnej, lecz także i na głębokościach do 5-6 m, glony nitkowate. Ich okresowo liczne występowanie, zwłaszcza w północnej części jeziora, wskazuje na postępujący proces wzrostu żyzności (eutrofizacji) Wigier.

Rośliny wodne, zarówno naczyniowe jak i glony, odgrywają znaczącą rolę w funkcjonowaniu jeziora. Jednym z istotnych zjawisk jest ich udział w tzw. biologicznym odwapnianiu wody, polegający na wytrącaniu się węglanu wapnia na powierzchni roślin w czasie fotosyntezy. Zjawisko to jest widoczne "gołym okiem" w postaci białych inkrustacji wapiennych pokrywających rośliny wodne. Wytrącane z wody cząstki węglanu wapnia sedymentują z do osadów dennych, kształtując ich strukturę i właściwości chemiczne. Poprzez wiązanie fosforu w strukturze powstających inkrustacji, biologiczne odwapnianie wody może być także jednym z mechanizmów powstrzymujących efekty eutrofizacji jeziora.

Dno głębin wigierskich zasiedlają zespoły słabo dotychczas poznanej fauny bezkręgowców. Do najciekawszych zwierząt zamieszkujących ciemne i zimne wody przydenne należą niektóre skorupiaki, w tym będący reliktem polodowcowym obunóg Pallasea quadrispinosa, oraz larwy wodzieni (Chaoborus sp.) wykonujące w ciągu doby długie wędrówki - po dziennym spoczynku w osadach dennych larwy wodzieni polują w nocy na drobny zooplankton w przypowierzchniowej warstwie wody, a jeszcze przed świtem rozpoczynają ponowną wędrówkę w kierunku dna.

Wigry słyną ze swoich ryb, w szczególności z występowania w nich sielawy i siei. Na terenie Parku odnotowano do tej pory występowanie 32 gatunków ryb, przy czym skład gatunkowy ryb w poszczególnych zbiornikach wodnych jest odmienny. Na przykład ryby z rodziny Coregonidae, do których należą sielawa i sieja, występują jedynie w największych i jednocześnie najgłębszych jeziorach Parku. Inne, w tym wiele gatunków ryb karpiowatych, występują w różnorodnych wodach - jeziorach, rzekach, a nawet w niektórych śródleśnych zbiornikach wodnych, zwanych na Suwalszczyźnie sucharami.

Na terenie Parku występuje 17 niewielkich ekosystemów wodnych będących typowymi "sucharami" - zbiornikami prawie zawsze pozbawionymi dopływów i odpływów, o wodzie brunatnej, zakwaszonej, charakteryzującej się niską koncentracją wapnia oraz wysoką zawartością kwasów humusowych spływających do zbiornika z zalesionej zlewni. Na obrzeżach sucharów występuje szerszy lub węższy pierścień roślinności torfowiskowej, z tak charakterystycznymi gatunkami, jak mchy torfowce, żurawina, modrzewnica, przygiełka biała, turzyca bagienna, bagno zwyczajne, borówka bagienna czy rosiczki - okrągłolistna i długolistna. Roślinność ta tworzy niekiedy pływający, nasuwający się na powierzchnię zbiornika kożuch, tzw. pło torfowcowe, a jego oderwane fragmenty mogą tworzyć pływające wyspy. 

W typowych sucharach roślinność zanurzona nie występuje, z wyjątkiem związanych z krawędzią pła "drapieżnych" pływaczy (rodzaj Utricularia); rzadko spotykane są także rośliny o liściach pływających. Bardzo specyficzny jest świat bezkręgowców wodnych, złożony głównie z organizmów tolerujących zakwaszenie. Występują tu licznie m.in. larwy ważek, pluskwiaki, larwy chrząszczy i ich postacie dorosłe, larwy niektórych grup muchówek, a także pająki wodne - topiki. Rzadko, i to tylko w zbiornikach najmniej zakwaszonych, spotyka się mięczaki, zarówno ślimaki jak i małże. Ich występowanie w sucharach ogranicza bardzo niska w tym środowisku koncentracja wapnia.

Suchary otacza zazwyczaj wysokopienny bór, osłaniający te jeziora przed wiatrem i często zacieniający ich powierzchnię. Dlatego też suchary należą do wód bardzo słabo mieszanych i silnie stratyfikowanych, tzn. obserwowane są tu bardzo duże różnice właściwości wód - na przykład ich temperatury czy koncentracji tlenu - na różnych głębokościach.

W okresie letnim różnice temperatury mogą przekraczać 4 ^oC na 1 m głębokości, co powoduje iż latem, nawet w stosunkowo płytkich zbiornikach tego typu, przydenne warstwy wody są bardzo zimne. Silna stratyfikacja termiczna i tlenowa oraz niewielka przezroczystość wód sucharów mają ogromne znaczenie dla rozmieszczenia organizmów planktonowych i, w niektórych zbiornikach, także ryb. Występują one prawie wyłącznie w przypowierzchniowej warstwie wody, zazwyczaj do głębokości 4 metrów.

ciąg dalszy